El Instituto Pedagógico (hoy Institución Educativa Municipal Pedagógico) fue fundado en 1956 como una institución privada, propiedad de educadores afiliados a la Cooperativa del Magisterio de Nariño y militares retirados. Durante los años 1960 y 1964, se graduaron las primeras promociones con el título de "Maestros Rurales". En 1984, los militares en retiro vendieron sus acciones a los padres de familia, y la razón social cambió a "Instituto Pedagógico". En 2003, con la aplicación de políticas educativas de la Nación, la Alcaldía de Pasto creó la Institución Educativa Municipal Pedagógico. En 1976, se creó la jornada nocturna, que funcionó hasta el año escolar 2008-2009. En 1988, la presidencia de la república declaró la edificación de la institución como Patrimonio Nacional, y el Colegio cambió su naturaleza de privada a oficial.